Se ubica en la cuenca del río Manu, regiones de Cusco y Madre de Dios. Es un área natural protegida que alberga una exquisita biodiversidad reconocida a nivel mundial y resguardada del impacto humano. El parque no sólo protege una amplia diversidad de flora conformada por 2,000 a 5,000 especies; y fauna constituida por más de 2000 especies, incluidas especies amenazadas como el gato montés andino; sino también salvaguarda valores culturales expresados en las formas de ocupación humana adaptada al medio ambiente en esta parte de la Amazonía desarrollada por pueblos originarios durante siglos. Incluso, muchas de estas comunidades no han tenido contacto con el mundo.
El Parque Nacional del Manu tiene una ubicación notable en el punto de encuentro de los Andes tropicales y los bosques amazónicos de tierras bajas. El gradiente altitudinal masivo ha favorecido una gama extremadamente amplia de condiciones ecológicas y la evolución de especies y comunidades ecológicas muy diversas. La diversidad del paisaje va desde pastizales altoandinos hasta varios tipos de bosques, incluidos bosques nubosos montanos vírgenes y exuberantes bosques tropicales de tierras bajas. La combinación de topografía, condiciones ecológicas y aislamiento ha permitido la evolución continua y casi inalterada de una extraordinaria diversidad de vida en todos los niveles y un alto grado de endemismo. Además de la diversidad de vida, el Parque Nacional del Manu también es conocido por una abundancia inusualmente alta de fauna en muchos grupos taxonómicos.
La extraordinaria biodiversidad combinada con el gran tamaño y el excelente estado de conservación hacen del Parque Nacional del Manu un área protegida de gran importancia para la conservación de la biodiversidad mundial. Más de 200 especies de mamíferos, 800 especies de aves, 68 especies de reptiles, 77 especies de anfibios y cantidades impresionantes de peces de agua dulce implican una diversidad de vertebrados solo comparable en muy pocos lugares del mundo. Los números en otros grupos taxonómicos son al menos igual de impresionantes, por ejemplo, las más de 1.300 especies registradas de mariposas de probablemente varios cientos de miles de artrópodos. Miles de especies de plantas superiores se distribuyen en los diversos ecosistemas, hábitats y nichos. Se han identificado cientos de especies de árboles, que a menudo crecen juntas en áreas muy pequeñas. Por décadas, la propiedad ha sido una de las principales referencias para la investigación científica en ecología tropical. Como tal, la propiedad ha ayudado significativamente a nuestra comprensión de los ecosistemas de los bosques tropicales. Incluso los investigadores experimentados se sienten abrumados no solo por la diversidad de la vida, sino también por la impresionante abundancia de vertebrados, incluidos los mamíferos. A pesar del importante registro de investigación, incluso hoy en día, los estudios taxonómicos revelan invariablemente especies desconocidas para la ciencia, incluidos los vertebrados, evidencia clara de que Manu continúa guardando muchos de sus secretos de biodiversidad.
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